讲述了民国时侠盗燕子李三为民除害，劫富济贫，并创立燕子门对抗日本侵略者的故事。与之前版本不同，《决战燕子门》根据燕子李三的原型进行大胆创新改编，加入抗日主旋律，将李三的正义之志放入大时代的家仇国恨之中，升华其精神内核。同时升级李三的功夫，剧中集合了缩骨功、轻功、跑酷、奇门盗技等炫目劲爆的中国功夫，让观众一次看过瘾。民国年间，济南城军阀混战。少年李三为保护青梅竹马的东方玉，一刀砍死了城中有名的混混楚天九。兄长楚天霸勾结警察署副署长陈宇，先将李毅砍成重伤，随后陷害李三入狱。监狱内，李三受尽狱霸黑金欺压，但他同时结识了狱友马脸、小七和“云中燕”李云飞，李云飞更是将毕生所学传授于他。李云飞有宝藏的秘密被黑金得知，他严刑逼问李云飞，又将其杀害。李三苦练武功，手刃黑金。东方玉的哥哥东方白曾是名震四方的盗侠，在北平创立了燕子门。听说妹妹遭人祸害，于是赶回济南，并将李三从监狱中救出。逃往北平路上，二人结识了马小宛。之后，东方玉随方俊生等也上了北平。东方白带领的燕子门和叛徒千手佛创立的千手门一场大战，引来北平警察署严署长以及日本人宫本的关注。李三机缘巧合找到了众人都在寻找的济南城防图。东方白死后，李三带着东方玉和马小宛赶回济南。路上，遇到了石惊天等山贼，石惊天为报东方玉之恩，也钦李三的武艺，便投李三门下。李三潜入警局套取情报，查寻到宝藏线索。陈宇勾结日本人合作，军阀马大帅大宴招待日本人，引出了小宛与李三成亲的一出戏。李三在马大帅家发现了宝藏至关重要的鼻烟壶。但寻到的宝藏竟什么都没有。为了让北伐军顺利进入济南城，李三等人炸毁马大帅军火库。作战的指挥官是方俊生，但因上峰命令，北伐军撤离济南。日军在济南更加嚣张，引发了一场济南惨案。李三重建燕子门，陈宇出卖给李三日军军火消息，可军火被马大帅渔翁得利，偷运了去。日军特使菊村来济南寻宝，却被李三杀死。陈宇根据菊村尸体留下的信息找到了宝藏，却被渡边所杀。李三不幸被渡边所抓，公开处决李三之时，引起了全城百姓的抗议。百姓们为救李三，跟随东方玉、方俊生等人与日本人展开决战。